面壁计划：迫水真吾小队在海王星遭遇了清醒的佐菲，并收到了奥特曼已经不再是奥特曼的警告。佐菲将意识附身于迫水，与“来访者”一同返回地球，并向联合国提交了旨在欺骗伪奥特曼，为人类文明保留火种的“面壁计划”，开始秘密建造“忘却之海”。

1986年~2006年

黑暗的二十年：奥特四兄弟因在地球追踪超兽萨乌鲁斯而耗尽力量，幸免于难，但他们的人间体因反对“面壁计划”而被伪奥特之父派出的杀手暗杀。随着“面壁计划”的正式实施，用于管制思想的“认知管理局”与“记忆警察”成立，用于对外伪装的“GUYS”防卫队也应运而生。

【原时间线 · 毁灭与轮回】

2006年

末日的开端：希卡利与博伽茹来到地球，查理迦也降临此地。作为“测试品”的梦比优斯降临地球。在一系列惨烈的战斗之后，地球人类几乎死伤殆尽，此外全宇宙绝大多数的生命，都被伪奥特曼吸收。

终末之战：伪奥特之王试图通过吸收地球，使自身突破“路尽级”之上，达到更高的维度。迫水（佐菲）联合了安培拉星人，在博伽茹、希卡利、安培拉本人相继战死之后，终于解锁了“星之声”形态，与伪奥特之王展开了持续数亿年的永恒战争。

无限的轮回：佐菲最终以宇宙彻底破碎为代价，取得了惨胜。面对死寂的宇宙，他选择重启时间线，从此陷入了寻找完美结局的、无尽的绝望轮回之中。

【本时间线 · 2006年】

变数的降临：在佐菲无数次轮回中的一次，一个不属于这个宇宙的变数——林宇，穿越而来。